Năm 1958, Y Bhăm Êñuôl cùng một số trí thức người Thượng, thành lập tổ chức BAJARAKA.[1] Tháng 5 năm 1958, Y Bhăm Êñuôl cùng 16 đại diện sắc tộc khác ký vào 2 kháng thư gởi đến tòa Đại sứ Pháp, tòa Đại sứ Hoa Kỳ, các tòa đại sứ khác tại Sài Gòn và Liên Hiệp Quốc tố cáo những hành vi phân biệt đối xử của chính quyền Ngô Đình Diệm đối với các sắc tộc thiểu số; văn thư đó cũng kể lại những đóng góp của các dân tộc miền núi trong việc chống lại quân phiệt Nhật, Việt Minh và Việt Cộng. BAJARAKA yêu cầu các cường quốc can thiệp để người Thượng có một "lãnh thổ biệt lập" ("un territoire à part", nguyên văn).[2] Sau đó Y Bhăm Êñuôl thành lập Ủy ban Tự Trị Trung ương, trụ sở đặt tại Pleiku để chỉ huy phong trào BAJARAKA.

Tháng 9 năm 1958, sau khi BAJARAKA tổ chức hàng loạt cuộc biểu tình tại Kon Tum, Pleiku, Buôn Ma Thuột, Y Bhăm Êñuôl bị bắt cùng với những lãnh tụ của phong trào BAJARAKA. Năm 1963, sau cuộc đảo chính lật đổ Ngô Đình Diệm, Y Bhăm Êñuôl được thả[3] và được bổ nhiệm vào chức vụ phó tỉnh trưởng tỉnh Đắc Lắc. Tháng 3 năm 1964, Y Bhăm Êñuôl tham gia sáng lập và trở thành chủ tịch Mặt trận Giải phóng Cao Nguyên.[4]